Wieczorem, 3 października Święty Ojciec Franciszek z Asyżu odszedł do Pana. Ten dzień jest wyjątkowy dla wszystkich, którym bliski jest Seraficki Ojciec Franciszek, w tym również nam Braciom Chrystusa Cierpiącego jego duchowym synom. Wieczorem tego dnia Biedaczyna odszedł do Pana. Od wieków na pamiątkę śmierci Franciszka obchodzone jest specjalne nabożeństwo: Transitus. Franciszkanie na całym świecie łączą się duchowo i wspominają odejście swego Założyciela do niebieskiej chwały. Tak to wydarzenie opisuje św. Bonawentura:
„Gdy przez dwa lata od otrzymania świętych stygmatów, a w dwudziestym roku od swego nawrócenia, został wygładzony licznymi uderzeniami ciężkich chorób, jak kamień, który ma być umieszczony w gmachu niebieskiego Jeruzalem, i jak dzieło artystyczne doprowadzony do doskonałego stanu pod młotem wielorakich utrapień, prosił, aby go zaniesiono do Matki Bożej w Porcjunkuli, by tam, gdzie otrzymał ducha łaski, oddał również ducha życia. Przyniesiony tam, chciał czynem ukazać prawdę, że nie ma już niczego wspólnego z tym światem w tej ciężkiej chorobie, która zamknęła wszelki ból. Porwany zapałem ducha, położył się obnażony na gołej ziemi. W tej ostatniej chwili, kiedy nieprzyjaciel mógł jeszcze okazać swą gniewną moc, chciał nago prowadzić walkę z nagim. Leżąc już na ziemi, po zdjęciu odzienia z płótna na worki, swoim zwyczajem skierował twarz ku niebu, koncentrując się cały na jego chwale i lewą ręką zakrył ranę prawego boku, aby nie była widoczna. Powiedział do braci: Ja wykonałem to, co do mnie należało, a o tym, co do was należy, niech was pouczy Chrystus. Gdy zbliżała się godzina jego przejścia, polecił zwołać do siebie wszystkich braci, którzy tam mieszkali. W obliczu swej śmierci dodawał im otuchy i z ojcowskim uczuciem zachęcił do miłowania Boga. Długo mówił o cierpliwości i ubóstwie, a także o wierności wobec świętego Kościoła Rzymskiego, kładąc ponad wszystko troskę o zachowanie Ewangelii. Gdy wszyscy bracia siedzieli wokół niego, wyciągnął nad nimi ręce składając je na kształt krzyża, ponieważ zawsze kochał ten znak. Mocą Ukrzyżowanego i w Jego imię udzielił błogosławieństwa wszystkim braciom tak obecnym, jak i nieobecnym. Ponadto dodał:
Trwajcie wszyscy synowie w bojaźni Pana i zawsze w Nim pozostawajcie. A ponieważ zbliża się pokusa i udręczenie, szczęśliwi są ci, którzy wytrwają w tym, co rozpoczęli. Ja zaś pospieszam do Boga, którego łasce powierzam was wszystkich.
Gdy mąż Bogu najdroższy skończył to słodkie napomnienie, rozkazał, aby przyniesiono mu księgę Ewangelii. Prosił, aby mu czytano Ewangelię według św. Jana, rozpoczynając od słów: Było to przed świętem Paschy (J 13,1). Później tak, jak mógł, zaczął się modlić słowami Psalmu: Głosem moim wołałem do Pana, głosem moim błagałem Pana (Ps 142). Odmówił cały Psalm i tak go zakończył: Mnie – powiedział – oczekują sprawiedliwi aż do momentu, gdy dasz mi nagrodę.
Gdy wypełniły się w nim wszystkie tajemnice i owa najświętsza dusza uwolniona od ciała zanurzyła się w bezmiarze Bożej światłości, błogosławiony mąż zasnął w Panu.
Biedaczyna z Asyżu odszedł do Pana wieczorem 3 października 1226 r. przy kapliczce Porcjunkuli, kolebce zakonu. Umierał w pokoju, choć bardzo cierpiał. Pod koniec swojego życia był prawie niewidomy, na ciele nosił krwawiące rany – stygmaty. Bał się też o losy zakonu. Tuż przed śmiercią kazał położyć się na ziemi, tuż przy swojej ukochanej kapliczce Matki Bożej Anielskiej, nazywanej Porcjunkulą, czyli „wybraną cząstką”. Pochowano go w kościele św. Jerzego w Asyżu, a w 1230 r. ciało przeniesiono do specjalnie wybudowanej bazyliki noszącej jego imię.
